La première mention officielle du Roggengratbad date de 1783. Deux ans plus tard, le bailli de Trachselwald écrivait dans son rapport officiel sur les bains : « Dans le Wyssbachgraben, juridiction d’Eriswil, il paraîtrait que l’on se baigne parfois au Roggengrathbad » (extrait de « Die Heilbäder im Oberaargau und im Unteremmental »).

Jusqu’en 1869, le Roggengratbad ne détient aucun droit économique. Ce droit lui est octroyé cette année-là pour les mois d’hiver en raison des nombreux bûcherons qui travaillent dans la région. À partir de 1879, l’autorisation est accordée pour toute l’année. En 1930, le propriétaire de l’époque fait remplacer les six anciens baquets par trois cuves métalliques. Les bains sont recommandés pour leurs vertus curatives en cas de rhumatismes, de paralysies rhumatismales et d’éruptions cutanées. Les bains sont chauffés pour la dernière fois en 1963.

Au cours du siècle passé, l’établissement est géré pendant de longues années par Rösi et Walter Heiniger, connus sous le nom de « Bedli-Rösi und -Walter ». Le 20 août 1975, ces derniers vendent l’exploitation à Peter Herrmann, de Wyssbach. Au cours des années qui suivent, le bâtiment est rénové et plusieurs tenanciers en gèrent le célèbre restaurant. Le 16 novembre 2000, le Roggengratbad manque de peu d’être détruit dans un incendie de cheminée. La reconstruction et la rénovation complète ont lieu l’année suivante. Le restaurant est ensuite exploité jusqu’en 2017, jusqu’à ce que le dernier couple de gérants soit contraint de cesser son activité pour cause de dettes impayées envers les fournisseurs et les propriétaires, comme à l’époque de Gotthelf. Par la suite, le restaurant reste fermé. Après le décès du propriétaire de longue date, son épouse décide finalement de vendre le bien immobilier. En novembre 2023, la nouvelle société BLUE-art Roggegratbad AG, une filiale de BAIN-BLEU S.A., qui exploite les bains thermaux de Genève et dont les propriétaires avaient auparavant développé et exploité une chaîne de bains thermaux et de hammams dans toute la Suisse, fait l’acquisition de la propriété. La transformation totale débute en octobre 2024, après l’obtention du permis de construire, et un nouveau chapitre du Roggegratbad s’ouvre à l’automne 2025.